如果發炎範圍僅止於直腸，病徵多是大便帶血及黏液，肛門腫脹，有排便不清的感覺，醫生可以透過大腸鏡檢查及抽取發炎組織作出診斷。
如果發炎範圍廣泛，病情可以急劇惡化，令結腸迅速氣脹；嚴重時，結腸可由直徑3厘米發脹至6厘米，形成毒性巨結腸症（Toxic Megacolon），或會引致敗血症及導致穿腸，造成生命危險，必需即時進行手術把氣脹的結腸割除。

直腸炎可透過塞肛丸、灌劑或泡沬劑等方式治療發炎位置；如果發炎範圍較廣，便要用口服消炎藥來控制病情，並按患者病情需要，同時服食類固醇或抗排斥藥。

約有兩成患者不能透過藥物控制病情，他們因長期服用類固醇而出現嚴重副作用、毒性巨結腸症，又或因為長期發炎影響日常生活或出現細胞病變，便需要接受外科手術，切除整段結直腸，把迴腸接駁到肛門，或者用迴腸作永久造口。